然而，庞培的军队击败了他们，并控制了亚得里亚海（Adriatic Sea）。

此外，他们指挥的两个军团倒戈支持庞培。

由于失去了舰队，凯撒缺乏足够的运输船只，无法将七个军团全部运送到希腊。

他只带着两个军团渡海，并指示安东尼率领剩下的五个军团留守布伦迪西乌姆（Brundisium），待时机成熟再汇合。

公元前48年初，卢修斯·斯克里波尼乌斯·利博（Lucius Scribonius Libo）接管了庞培的舰队，该舰队约有50艘战舰。

利博封锁了布伦迪西乌姆，但安东尼设计用几艘诱饵船吸引利博追击，导致利博的舰队被困并遭到攻击。

尽管利博的大部分舰队设法逃脱，但有几艘战舰被俘。

随着利博撤退，安东尼于公元前48年3月在希腊与凯撒会合。

在希腊战役中，普鲁塔克（Plutarch）记载安东尼是凯撒最优秀的将领，仅次于凯撒本人。

安东尼在巴尔干半岛西部与凯撒汇合，并包围了庞培在迪拉基乌姆（Dyrrhachium）的更大规模的军队。

由于粮食短缺，凯撒于7月下令夜袭庞培的营地，但庞培以更大的兵力击退了这次进攻。

尽管战斗没有明确胜负，但这场胜利在战术上属于庞培。

然而，庞培并未下令反攻凯撒的营地，允许凯撒撤退。

凯撒后来感叹，如果庞培当时发起攻击，内战本可在那一天结束。

凯撒得以撤退到色萨利（Thessaly），庞培随后追击。

在法萨卢斯平原（plain of Pharsalus）采取防御阵地后，凯撒的军队准备与规模两倍于己的庞培军队进行决战。

公元前48年8月9日，在法萨卢斯战役（Battle of Pharsalus）中，凯撒指挥右翼，对阵庞培，而安东尼则指挥左翼。

战役最终以凯撒的决定性胜利告终。

尽管内战并未在法萨卢斯结束，但这一战标志着凯撒权力的巅峰，并实际上终结了罗马共和国。

这场战役为凯撒带来了急需的合法性，因为在战役前，意大利以外的大部分罗马世界将庞培及其支持的元老院势力视为合法政府。

在庞培战败后，大部分元老院成员倒向凯撒，包括许多曾在庞培手下作战的士兵。

庞培本人逃往托勒密王朝的埃及，但法老托勒密十三世·忒奥斯·菲洛帕托尔（Ptolemy XIII Theos Philopator）因害怕凯撒的报复，在庞培抵达后将其暗杀。