凯撒与庞培之间的冲突在公元前49年初爆发为公开对抗。

当年的执政官盖乌斯·克劳狄乌斯·马尔凯卢斯（Gaius Claudius Marcellus）和卢修斯·科尔内利乌斯·伦图卢斯·克鲁斯（Lucius Cornelius Lentulus Crus）反对凯撒。

当时庞培虽身处罗马，却担任西班牙（Spain）总督并指挥着数支军团。

在整个公元前50年，凯撒与元老院之间进行着不安的谈判，凯撒要求在身居军职的情况下获得竞选执政官的权利。

安东尼再次提出小库里奥（Curio）的提案，建议凯撒和庞培同时放弃指挥权，恢复为平民身份。

这一提案受到大多数元老院议员的欢迎，但执政官和卡托（Cato）坚决反对。

随后，安东尼提出新建议：凯撒保留八个军团中的两个以及伊利里亚（Illyrium）总督职位，同时允许其以缺席方式竞选执政官。

尽管庞培对这一让步表示满意，但卡托和伦图卢斯拒绝妥协。

安东尼声称自己性命堪忧，逃离罗马返回凯撒在阿尔卑斯高卢（Cisalpine Gaul）的营地。

安东尼离开后几天，即公元前49年1月7日，元老院再次开会。

在卡托的领导下，并得到庞培的默许，元老院通过了最终议决（senatus consultum ultimum），剥夺凯撒的指挥权，并命令他返回罗马接受审判。

元老院还宣布，若凯撒不立即解散军队，他将被视为国家公敌。

随着和平解决的希望破灭，凯撒以安东尼为借口向罗马进军。

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作为保民官，安东尼的人身是神圣不可侵犯的，因此伤害他或拒绝承认他的否决权是违法的。

三天后，即1月10日，凯撒渡过卢比孔河（Rubicon），引发了内战。

凯撒的快速进军让庞培措手不及，他撤离意大利前往希腊（Greece）。

进入罗马后，凯撒没有立即追击庞培，而是率军前往西班牙，击败了当地支持庞培的忠诚势力。

同时，安东尼被授予代行执政官（propraetor）头衔，担任意大利总督并指挥驻军，而凯撒的幕僚之一马库斯·埃米利乌斯·李必达（Marcus Aemilius Lepidus）负责罗马临时政府的运作。

尽管安东尼深受士兵喜爱，但大多数普通市民厌恶他，因为他对他们因内战而遭受的困苦漠不关心。

到公元前49年年底，凯撒已从敌人手中夺得了高卢（Gaul）、意大利、西班牙、西西里（Sicily）和撒丁岛（Sardinia）。

公元前48年初，凯撒准备带领七个军团渡海前往希腊与庞培决战。

凯撒将伊利里亚的防务交给了安东尼的弟弟盖乌斯·安东尼乌斯（Gaius Antonius）和普布利乌斯·科尔内利乌斯·多拉贝拉（Publius Cornelius Dolabella）。