双方均向罗马求助，但罗马参议院未干预此冲突。

形势越来越危急，公元前129年，克利奥帕特拉二世将埃及王位托付给她的女婿、塞琉古王国国王德米特里一世（Demetrius II Soter），他刚刚从波斯俘虏中解救出来。

德米特里一世于公元前128年发动了对埃及的入侵，但他的军队仍在东部沙漠围攻边境要塞佩卢修姆（Pelusium）时，得知妻子克利奥帕特拉·提亚（Cleopatra Thea）已将他们的儿子安条克八世（Antiochus VIII）立为叙利亚国王的消息。

塞琉古军队发生了叛变，德米特里一世不得不返回叙利亚。

为了防止德米特里一世在解决这些叛乱后再次回到埃及，托勒密八世同意了叙利亚一群叛军的请求，他们请求托勒密八世派遣一位王室伪君主来领导他们。

托勒密八世选择了亚历山大二世（Alexander II），并将其作为早期塞琉古国王亚历山大一世（Alexander I）的儿子。

由此在塞琉古王国爆发的冲突持续了多年，塞琉古帝国对托勒密八世的干预也变得不可能。

公元前127年，克利奥帕特拉二世带着她的国库逃离亚历山大城，前往德米特里一世的宫廷。

在她缺席期间，托勒密八世终于在公元前126年8月重新夺回了亚历山大城。

这次重新夺回城市的过程中，托勒密八世进行了血腥的清洗，屠杀了克利奥帕特拉二世的支持者。

很难确定这些有关托勒密八世亲自主持的血腥屠杀的各种轶事是属于这一事件，还是早在公元前145年的那次清洗。

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之后，托勒密八世开始与克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）和塞琉古朝宫廷进行和解谈判。

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公元前124年，托勒密八世放弃了对亚历山大二世（Alexander II）的支持，转而支持德米特里二世（Demetrius II）的儿子安条克八世（Antiochus VIII）。

他通过将克利奥帕特拉三世（Cleopatra III）所生的第二个女儿，翠芙安娜（Tryphaena），嫁给安条克八世来达成这一协议。

克利奥帕特拉二世从塞琉古宫廷返回埃及，并再次与托勒密八世和克利奥帕特拉三世一同被确认作为共治君主。

从公元前124年7月起，她与他们一起出现在纸草文献中。

尽管托勒密八世和克利奥帕特拉三世与克利奥帕特拉二世的和解过程漫长，但他们为了巩固和解并恢复埃及的和平与繁荣，于公元前118年4月发布了“特赦法令”（Amnesty Decree），该法令现存多个纸草文献副本。

这项法令赦免了公元前118年之前除谋杀和抢劫神庙外的所有犯罪，鼓励难民返回家园并恢复他们的财产，免除所有欠税，确认了在内战期间颁发给士兵的土地赠与，确认了神庙的土地所有权和税收特权，并命令税务官员使用标准化的重量和度量单位，否则将面临死刑。

此外，该法令规定了埃及人和希腊人之间法律争议的司法管辖权。

今后，争议将由文件所使用的语言来决定：钱审官（chrematistai）将裁决有关希腊文件的争议，而人民法官（laokritai）则解决有关埃及文件的争议。

钱审官不再被允许将埃及人拖进他们的法庭，正如此前似乎发生的情况那样。

托勒密八世于公元前116年6月28日去世。

他由他唯一幸存的长子托勒密九世（Ptolemy IX）继位，克利奥帕特拉二世和克利奥帕特拉三世也一同执政。