托勒密八世的雇佣军因欠薪差点倒戈支持挑战者，但指挥官希拉克斯（Hierax）用自己钱财支付了他们的薪酬，才使得叛乱未成。

至公元前139年2月，加拉埃斯特斯被击败，托勒密八世发布了一项法令，确认埃及祭司的权利与特权，并宣称自己与克利奥帕特拉二世、克利奥帕特拉三世和谐共治。

同年，托勒密八世接待了一支由小西庇阿（Scipio Aemilianus）率领的罗马使团，此行的目的是和平解决东地中海（Eastern Mediterranean）的事务。

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古代文献特别提到罗马使团受到了极尽奢华的款待，以此衬托罗马人的简朴作风。

此时托勒密八世显然极为肥胖，已需要被抬着出行。

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公元前132年末，王室兄妹之间的冲突最终爆发为公开的战争，托勒密八世·菲斯康（Ptolemy VIII Physcon）和克利奥帕特拉三世（Cleopatra III）站在一方，而克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）则在另一方。

起初，托勒密八世仍控制着亚历山大城，但在公元前131年末，亚历山大城的人民爆发暴乱，支持克利奥帕特拉二世并放火焚烧了皇家宫殿。

托勒密八世、克利奥帕特拉三世及其子女逃往塞浦路斯。

与此同时，克利奥帕特拉二世自封为唯一的女王——这是托勒密王朝女性首次如此行事——并以“母爱、救世女神”（Thea Philomētōr Sōteira）为称号，这一称号将她与已故丈夫托勒密六世（Ptolemy VI Philometor）以及王朝创始人托勒密一世（Ptolemy I）联系在一起。

尽管亚历山大城站在克利奥帕特拉二世一方，并且她通常得到全国希腊人和犹太人的支持，但托勒密八世和克利奥帕特拉三世更受埃及本土民众的欢迎。

埃及的大部分地区仍然承认托勒密八世为国王。

然而，在埃及南部，一位名为哈尔西西（Harsiesi）的人趁乱起义——他效仿了公元前206-185年间胡格诺弗（Hugronaphor）和安赫马基斯（Ankhmakis）的叛乱。

哈尔西西可能自封为法老，并成功占领了底比斯，在公元前131年8月或9月控制了该地。

他于11月被驱逐，并被底比斯总督保斯（Paos）追击，保斯是埃及人。

托勒密八世和克利奥帕特拉三世在公元前130年初已从塞浦路斯返回埃及。

到春季，他们已掌握孟菲斯。

托勒密八世对保斯在对抗哈尔西西时的成功印象深刻，于是提拔他为上埃及总指挥，并将整个军事体制交由他管理——这是埃及本土人首次担任如此重要的职位。

哈尔西西最终于公元前130年9月被捕并处决。

亚历山大城被围困，但托勒密八世和克利奥帕特拉三世未能攻占该城。

克利奥帕特拉二世在全国范围内仍维持了多个据点——如哈尔蒙提斯（Harmonthis）在公元前130年10月仍在她手中。

作为克利奥帕特拉二世和托勒密八世之间争斗的一部分，后者杀害了他两个年长的儿子：

其中一位是从基比伦召回的（这可能是克利奥帕特拉二世与托勒密六世的儿子），因怀疑亚历山大人会让他做国王而将其杀害；

另一位是托勒密·孟菲斯（Ptolemy Memphites），他是克利奥帕特拉二世与托勒密八世的儿子，当时他约12岁，托勒密八世将其杀害，并在克利奥帕特拉二世生日当天将其肢解的尸体送回。