在这一时期的文件中，克利奥帕特拉一世的名字排在托勒密六世之前，铸币也在母子共同的权威下发行。

面对不断的亲战呼声，克利奥帕特拉一世选择了和平政策，这既是出于她的塞琉古（Seleucid）血统，也因为战争会威胁她对权力的掌控。

她大概在公元前178年底或前177年初去世，尽管一些学者认为她在公元前176年底去世。

托勒密六世当时还太年幼，无法独立统治。

克利奥帕特拉一世在临终前任命了她的两位亲信尤拉乌斯（Eulaeus）和莱纳奥斯（Lenaeus）为摄政。

尤拉乌斯是一名阉人（太监），曾是托勒密六世的导师，在两人中地位较高，甚至以自己的名义铸造了货币。

莱纳奥斯是一位叙利亚奴隶，可能在克利奥帕特拉一世出嫁时随之来到埃及，他似乎专门负责管理王国的财政。

尤拉乌斯和莱纳奥斯试图通过提升托勒密六世的尊严来巩固他们的权威。

公元前175年初，他们安排托勒密六世与他的妹妹克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）结婚。

兄妹通婚是托勒密王朝的传统，可能是仿效早期埃及法老的做法。

这对兄妹被纳入托勒密王朝的宗教祭祀体系，成为“菲洛米特之神”（Theoi Philometores，意为“敬母之神”），以此纪念已故的克利奥帕特拉一世。

在埃及的宗教背景下，这一头衔象征着法老与母亲伊希斯（Isis）之间的关系，如同荷鲁斯（Horus）与母亲的联系。

托勒密六世和克利奥帕特拉二世当时年纪尚小，因此婚姻在多年后才得以圆房。

他们最终育有至少四个孩子。