为了逐个击败这三支迦太基军队，公元前209年，西庇阿展开了他的第一次重大军事行动：他围攻了迦太基新城（Carthago Nova，现代的卡塔赫纳），这是一个重要的迦太基后勤中心，具有相当的战略意义。

在战斗中，他通过在潮退时派遣一支涉水部队穿过城北的泻湖来占领城市，他告诉士兵们，他曾有过一个异象，海神波塞冬（Neptune）承诺会给予支持。

这一所谓的异象促使围绕他和他家族迅速发展出一个西庇阿的传奇。

迅速攻占城市时，由于难以区分战斗人员和平民，西庇阿命令他的士兵屠杀所有遇到的人并掠夺任何建筑。

波利比乌斯认为这场屠杀的目的是为了恐吓西班牙人民，让他们迅速投降，并讲述了罗马人残忍到连狗和其他动物都被砍成两半的轶事。

随后，他迫使马戈在城堡投降，并迅速改变态度，饶恕剩余的市民，只将非公民奴役。

他还将三百名西班牙人质收押，给予他们礼物，保证他们及其家人的安全，并承诺如果他们各自的社区与罗马结盟，就可以获得自由。

战斗后，几支西班牙部落投向了罗马。

接下来的一年，公元前208年，西庇阿在贝提斯河（Baetis）北部与哈斯德鲁巴尔作战，靠近贝库拉（Baecula）。

虽然西庇阿获得了胜利，但战斗并未决定胜负，哈斯德鲁巴尔带着大部分军队北逃越过比利牛斯山前往意大利。

哈斯德鲁巴尔及其军队于公元前207年抵达意大利，最终在梅塔乌鲁斯战役（Battle of the Metaurus）中被击败，军队被摧毁，哈斯德鲁巴尔阵亡。

次年，哈斯德鲁巴尔被一名名叫汉诺（Hanno）的将领取代，他在塞尔蒂贝里亚（Celtiberia）被朱纽斯·西拉努斯俘获。

在哈斯德鲁巴尔（Gisgo之子）率领的军队撤退到加的斯（现代的卡迪斯）后，西庇阿的兄弟占领了奥龙吉斯（Orongis，现代的哈恩）并在公元前206年于伊利帕战役（Battle of Ilipa）中取得决定性胜利，迫使迦太基人撤出半岛。

在后续清剿行动中，西庇阿占领了伊洛尔吉亚（Ilourgeia）和卡斯图洛（Castulo），对前者进行了严厉惩罚，因为该地杀害了他的军队难民。

其他罗马指挥官在西班牙占领了其他城镇，包括阿斯塔帕（Astapa），其居民选择了集体自杀。

在关于西庇阿因病去世的虚假谣言传播后，西班牙部落爆发了一场迅速被镇压的叛乱，他越过海峡进入非洲，寻求西法克斯（Syphax）的支持，并继续前往西部西班牙与马西尼萨（Massinissa）会面，寻求同样的目的。

西法克斯表示效忠，但最终与迦太基人联手。

然而，当西法克斯将马西尼萨驱逐出马西利王国时，马西尼萨带着一小部分军队加入了罗马。

与此同时，加得斯向罗马投降。

公元前206年左右，西庇阿还创立了意大利卡（Italica，位于塞维利亚西北约9公里），这个地方后来成为了皇帝特拉扬（Trajan）、哈德良（Hadrian）和狄奥多西一世（Theodosius I）的出生地。

随着在半岛的普遍胜利，西庇阿返回罗马，竞选公元前205年的执政官，留下卢修斯·科尼利乌斯·伦图卢斯（Lucius Cornelius Lentulus）和卢修斯·曼利乌斯·阿基迪努斯（Lucius Manlius Acidinus）指挥。

他在年底回到罗马。

根据李维的记载，他未能获得凯旋庆祝，理由是他是个人身份——即没有担任过公职——且从未当选为拥有指挥权的公职。