至于济宁西边的嘉祥、巨野、郓城等处的义军，他们还未来得及转移时，就在官兵南北夹击之下，被围困在了巨野与嘉祥两城。
至于运河东岸的叛军，北线有全副火器的天津府军，战线也在他们到达后两天内从东平州推进到了汶上。
而东边的沈有容军，也顺利推进到了滕县。
面对着官兵的四路大军围攻，徐鸿儒只得调回滕县、汶上、宁阳、泗水的义军与粮草，选择坚守滋阳、曲阜与邹县三城。
至于巨野与嘉祥的义军，就算他想调，也已经调不回来了。
六月十八日，官兵连克巨野与嘉祥，第十一营留下山东都司的军队看守俘虏，之后他们调转方向，跨过运河参与围攻滋阳、邹县、曲阜三城。
六月二十三日，第十一营与沈有容军克邹县，二十四日，北线的天津府军与王威联军克曲阜。
当徐从治、杨嗣昌等人看到被破坏得面目全非的曲阜城，以及里面的衍圣公府、孔庙与孔林时，他们顿时感觉整个天都要塌了下来。
面对着满目疮痍的场景，两人久久无法发出一言，不知道将要如何面对满朝的弹劾与整个士林的唾弃。
徐鸿儒在滋阳城继续坚守了十六日后，于七月十一日城破时不得不选择突围。
但面对朝廷的几万官兵包围，他又能逃到哪去呢，在向北突围不足一里处，就被驻守在此处的天津府军俘虏。
之后随着天津府军一同回到了天津，之后在锦衣卫的押送下送到了京城，等待徐鸿儒等人的，将是与王好贤以及于弘志等人一样的命运，凌迟处死。
四月十一日起事，七月十一日被剿灭，时间刚好三个整月，比历史上的时间少了一个月。
随着义军的被剿灭，堵塞了近三个月的京杭大运河重新恢复了运转。