崇祯十一年二月，李自成等部从四川出来后，在力量对比上陷入不利局面。

当时，大部分起义军在中原活动，留在西北地区的只有李自成、过天星等少数几支义军。

他们遇到的对手陕西三边总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭，在明朝官僚中既狡猾又卖力。

陕西（包括三边）的官军凶悍勇猛，号称“敢战”。此时又正值明廷要求“三月平贼”的最后期限。

洪承畴和孙传庭与朝廷中掌握兵权的杨嗣昌有矛盾，担心追剿不力受到朝廷惩处，便疯狂地分头扑向从四川返回陕西的起义军。

李自成部在洪承畴所统领的总兵曹变蛟、左光先、祖大弼以及副将贺人龙等部官军的追击下。

出川不久就在河州、洮州（今甘肃临夏和临潭附近）地区的两次战役（三月十九日、二十日）中接连失利，人员和马匹损失惨重。

李自成带着败兵向西进入少数民族地区打算补充马匹，洪承畴的官军却紧追不舍。

四月，李自成部只好又折向东返回，从巩昌府属的羊撒寨渡过洮河，日夜兼程向西和、礼县进发。

为避免被追剿的官军发现，李自成决定分散隐蔽行动，命令刘体纯（绰号“二只虎”）等“分路另走”；自己也行踪愈发诡秘，躲进山中隐藏踪迹。

四月初十日，李自成亲自带领起义军战士和家属共三百人，行至礼县北面一个叫马坞的地方。

明总兵左光先带领部下官兵于次日黎明追到，两军相距不过四五十里，李自成等人处境极其危险。

幸好官军在马坞歇息了一日，起程时又判断错误，李自成才得以摆脱官军追击，进至陕、川交界地区，与部将李过、刘体纯等带领的队伍会合。

事后，洪承畴懊悔不已，在给朝廷的报告中悲叹道：闯将是众多贼寇中的元凶，如今仅带着三百残兵败将抱头鼠窜，实在是数年难得的机会，即便穷尽日夜之力，身先士卒、不顾性命去擒斩此贼，也是应尽的责任。

无奈计算失误、追赶不紧，让元凶逃脱远去。如今既未能一举歼灭这股贼寇，将来必定还要耗费兵力去消灭他们。左光先怎能推脱责任？

李自成部在陕甘失利后，于五月间会同六队祁总管部共三千多人进入四川境内。

洪承畴急忙指派陕西监军道樊一蘅督促副将马科、贺人龙部官军进川追击，自己带着总兵曹变蛟、王洪赶到西乡县，檄调总兵左光先率部进驻汉中府；

在阶州、徽州、文县和略阳一带也部署了兵力，挡住起义军北返和西进的道路。七月十三日，马科、贺人龙部与起义军在四川广元交战。

四川巡抚傅宗龙唯恐义军又像崇祯十年那样直入成都平原，便调集四川官军和他从云南带来的部分军队，配合陕西官军夹剿。

八月初五日，双方在南江县境内作战，义军因寡不敌众，夺路北逃。十六日，义军到陕西城固县境，打算渡汉水，取道石泉、兴安前往湖广、河南。渡河时，遭到左光先部官军的袭击。

这时义军只剩下一千四五百人，无力对抗官军，因而退入附近山区。在艰难的形势下，六队头目祁总管灰心丧气，带着部下六百多人向左光先投降。