经过几日的交战，旭烈兀成功击败那海，并乘胜追击，越过了帖列克河（今捷列克河），在金帐汗国的边境大肆掳掠。别儿哥大怒，再次征调军马进攻，旭烈兀派自己的长子阿八哈前去迎敌，却被别儿哥打败，只好从金帐汗国的境内退出，返回了己方国土。

自此，两国之间彻底成为了仇敌，同为成吉思汗后裔的亲人却因为不同的信仰而开始刀兵相见，为了消灭旭烈兀这个‘异教徒’，别儿哥甚至还派人联系了马穆鲁克苏丹，希望与对方南北夹击伊利汗国。

1265年，旭烈兀病死，其长子阿八哈成为第二任伊利汗。

两年后，别儿哥病逝，拔都之孙忙哥帖木儿成为第六任金帐汗国大汗。

眼见着金帐汗国与伊利汗国打的热闹，作为金帐汗国世仇的察合台汗国自然也想进来插一脚。

在打败了阿里不哥后，阿鲁忽就彻底归顺了忽必烈，忽必烈也让他继续统治察合台汗国。

为了争夺河中地区，阿鲁忽率军主动进攻金帐汗国，将别儿哥的军队击溃，并洗劫了讹答剌城，别儿哥正忙于跟旭烈兀开战，也无暇顾及这个老对手，只好暂时吃下了这个哑巴亏。

可阿鲁忽也没蹦跶两年，就在他洗劫了讹答剌城后没多久，这位大哥就病入膏肓，没几天就一命呜呼了。

公元1264年，又一次成为了寡妇的兀鲁忽乃将自己与哈剌旭烈所生的儿子木八剌沙立为新任察合台汗国可汗。

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由于政治因素，窝阔台系的人一直被拖雷系所忌惮，所以不论是蒙哥亦或是忽必烈，二人都对于窝阔台系的诸王拼命打压，而窝阔台汗国的继承人海都（窝阔台孙、合失之子）决心要改变这一切，他在自己的封地海押立（今哈萨克斯坦巴尔喀什湖东南萨尔坎德附近）想方设法地征集军队，因为当初窝阔台系反对蒙哥即位的缘故，早在蒙哥在位的期间，就剥夺了除阔端一脉，其余窝阔台系诸王的军权。

在他的苦心经营下，竟然真的被他拉起了一支三千人的队伍，由于忽必烈将重心都放在了蒙古本土与中原地区，没有过多的精力来关注他，所以海都在有了自己的军队后，便公然反对忽必烈的命令，对于忽必烈屡次召其入朝觐见的要求，他都以马太瘦，无法远行的借口推辞掉了。

但他的这一举动也引起了忽必烈的重视，为了限制他的发展，忽必烈将长期跟随在自己身边的察合台系亲王八剌（察合台曾孙，木阿秃干之孙）派遣回了察合台汗国，并降旨道：“让木八剌沙与八剌一同掌管该兀鲁思。”

但八剌此人野心极大，在抵达察合台汗国后便表现出一副低姿态，用来骗取兀鲁忽乃和木八剌沙的信任，私下却悄悄联络部众，趁木八剌沙放松警惕之时发动兵变，一举废黜了木八剌沙，并将其贬谪为负责掌管狩猎的官员。

在实际掌控了察合台汗国之后，八剌便开始整顿朝政，收拢军队，用来稳固自己的地位，但对于忽必烈让他监视海都的要求也没有忘记，派人密切关注着海都的动静。

海都自然也知道忽必烈的想法，但他手里只有那么几千人马，对于强大的中央朝廷开说，根本连塞牙缝都不够，于是他将目标瞄准了刚刚归降忽必烈的玉龙答失。

公元1268年，海都率部东进，进入岭北，突袭了驻扎在那里的玉龙答失的部众。这一消息寻思引起了忽必烈的关注，他认为这时海都反叛的信号，于是命令驻扎在漠北的兵马迅速出击，平定这场叛乱。

海都自知惹了大祸，便马不停蹄地向西逃窜，元军（为了方便区分，虽然忽必烈此时并未更改国号，但其麾下军队一律称为元军）一路追击至阿力麻里，终于追上了海都的断后部队，双方短暂交战后，海都兵少，不得不继续西撤，元军又追击两千里方才回返。