进入南宋时代，澎湖被划入福建泉州晋江县的管辖范围内。

至此，大陆与台湾之间在经济、政治、文化等各个层面的联系日益紧密且频繁。

到了元代，对台湾的管理得到了进一步强化。

具体来说，1292 年（元至元二十九年），元世祖忽必烈派遣海船副万户杨祥、礼部员外郎吴志斗以及珍部员外郎阮监前往台湾进行"宣抚"工作。

紧接着，在 1335 年至 1340 年（元后至元年间）这段时间里，元朝政府正式在澎湖设立"巡检司"这一专门的政权机构，负责管辖澎湖和台湾地区的民政事务，并将其隶属于福建泉州晋江县。

从这时起，中国便开启了在台湾设立专门政权机构的历史篇章。

明朝之后，海峡两岸人民交往频繁。

公元 1402-1424 年期间（明成祖朱棣在位时的永乐年间），伟大的航海家"三宝太监"郑和率领着规模宏大的船队出访南洋各个国家，并曾经在台湾短暂停留过一段时间。而在十五世纪往后，倭寇不停地滋扰中国东南部沿海地带，明朝政府因此在澎湖设立了"游击"一职，每年春秋两季派兵驻守此地；同时也在基隆、淡水两个港口驻扎了军队。

一直到十七世纪二十年代的明末时期，大陆民众才开始大规模迁徙到台湾居住。

公元 1628 年（明崇祯元年），当时正逢福建遭受严重旱灾，福建人颜思齐、郑芝龙便召集了几万名来自福建和广东的灾民前往台湾开垦荒地并定居下来，他们一边从事农业耕作和商业贸易活动，一边组织起武装力量抵御倭寇以及荷兰人的侵犯打扰。

随着时间推移，台湾各地逐渐涌现出众多村落，至此，台湾正式迈入了大规模开发阶段。截至十七世纪末期，从大陆沿海地区前往台湾开拓创业的人数已经超过了十万人之多。