在确认新城和崛井失联后，居间惠本想让宗方去搜救，但没想到佐加大军已经杀到了日本以极高的效率对东京展开了大屠杀。
居间惠队长：“马上回基地！佐加侵袭日本了！”
丽娜颤抖着声音，不可置信道“怎么可能啊？它不是刚死吗？”
〖哥哥，你觉得我们会赢吗？〗克洛伊很担心的看着大古。【虽然哥哥最后赢了，但是，代价却是不能变成光了…】
大古带着坚信的语气道〖小伊，我们一定会赢！也必须赢！〗
看着这样的大古，克洛伊内心也开始激动起来，【我一定会帮哥哥的！】
大古身边的丽娜看着这幅场景，强忍着难过道“如果，我们的命运注定最终要灭亡的话”
“这是什么命运？”大古坚定的说道“我们要改变它！”
另一边，幸好TPC早有防备，市民们全部转移到了地下避难点，大古和丽娜的白雪号还没来得及回来，佐加就已经把日本列岛夷为了平地。
随后，邪神加坦杰厄指挥佐加军团大肆攻击地球上其他基地。
不久之后，当大古和丽娜的白雪号回到基地的时候，这才知道北美也沦陷了。
掘井头疼的说道“怪兽飞得比我们还快，TPC美国支部的布鲁特队全军覆没了。”
这之后邪神将目标对准了TPC远东总部，携带着电离子的黑雾瞬间从海底一步步入侵了基地，带电黑雾能扰乱机械正常运转以及阻断电波，基地的主动力系统瞬间瘫痪，司令室被拉黑。
好在他们还有备用系统勉强能维持卫星通讯，但F4机库的亚特迪斯号已经岌岌可危，丽娜在八尾博士的提醒下生做好准备受黑雾的影响。
躲在地下的市民们无法与TPC总部取得联系，有些居民已经开始吵着要出去。知树尝试给居间惠发电子邮件问问最新进展，但电子邮件也不通。
宗方和大古下去想阻断黑雾的蔓延，但就算把通道门关闭，黑雾也能渗透进来。
面对这种降维打击，泽井总监很果断的下令放弃海上基地，令全部职员坐亚特迪斯号逃生。
但吉冈局长坚持要留下来垫后，“泽井！在这个基地我投入了这么多心血，虽然它不会动，不过也像一艘船一样，我要留到最后！”
泽井总监并不同意，“但奋斗的前提条件是，你必须活着！”
此时画面来到露露耶遗迹，海豚号受黑雾影响已经瘫痪，新城不死心还在尝试联络队长，崛井却劝他省点力气，因为氧气已经所剩不多，现在他们俩只能寄希望于奇迹发生。
可没想到此时露露耶遗迹又继续上浮，邪神加坦杰厄终于现出了真身。
卫星雷达第一时间发现了这一情况，所有人都被眼前的巨大怪物的气势给威慑住了，唯独大古丝毫不惧。
就在大家准备商讨如何对付最终BSS的时候，黑雾已经蔓延到了司令室，现在辅助系统也瘫痪了，整个基地一片黑。