同时，山本五十六的作战思想还暴露了一个致命问题。霓虹海军的中途岛作战方阵是以潜艇部队作为突击先锋，并以航母作为核心打击力量。

换言之，潜艇部队是为航母战斗群扫除水面及水下的战争壁垒，从而提高航母战斗群的战场火力压制及机动规避炮火的能力。

不过，这样的作战布局却无法将主力战列舰的炮火优势展示出来(注意:在中途岛海战前期统筹时，山本五十六再次把舰队划分为战列舰舰队和航空母舰舰队，从而弱化了航母的整体攻击力)。除开前锋突击的潜艇及巡逻部队，霓虹海军舰艇被划分为无法相互支援的6支战斗群，航母与战列舰分队以及其他机动舰队的距离偏远，无法形成集中攻势。

即使航母可以凭借舰载机的优势，在离舰200至300英里处和敌方航母编队或者其他机动编队发生战斗。

但是，作为支援的战列舰作战半径却远小于航母。以“大和”号为例，其主炮最远射程为26英里，以最高的27节航速驰援日本航母战斗群至少需要2个小时。由于航母之间的对抗时间又十分短暂，也许战列舰赶到航母战斗海域时战役早已结束。

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从个人理解来说，即便战列舰的攻击效力在主炮射程外，也必须和其他机动舰队一致行动，并随时保持进攻姿态，否则战列舰就失去重火力攻击及防卫的现实意义。对于主力舰群采用航母、战列舰以及其他机动舰艇分离的战斗配置，山本五十六这一做法实在令人费解。

同时，南云忠一作为中途岛航母打击部队的最高指挥官，也同样存在一项战术错误。由于日军侦察机对于美军航母编队的侦查过于模糊，空中侦查甚至可以说是毫无作为，导致南云忠一对于中途岛的战略决策难以权衡。

6月4日8时9分，霓虹侦察机答复外界舰艇为5艘巡洋舰和5艘驱逐舰。

8时20分，霓虹侦察机再次答复舰队后方“好像”有航空母舰。

日军侦察机对于侦查目标的反馈前后突兀，并且在更新侦查信息时，以“好像有航空母舰”传输情报，导致一线舰队无法精确备战。同时，当日军机动编队超过岸基侦察机的侦查范围，编队居然得不到预警情报。

由于侦察机的反馈信息比较模糊，使南云忠一陷入究竟是攻击中途岛还是美军航母的战略囧境，乃至出现在舰载机上反复换装航弹和鱼雷的滑稽场面，浪费了进攻中途岛的战略先机。

中途岛海战后期，赤城号航母便率先被美军的SBD俯冲式轰炸机击毁，从而奠定了霓虹海军落败中途岛的战争格局。(注意:赤城号内部创伤面正是由于鱼雷和炸弹的无序堆放造成的)

所谓“当断不断，反受其乱”。南云忠一作为中途岛战场的一线指挥官，没有清晰的战略纵深意识，攻击目标随侦察机的信息反馈而频繁改令，无法给航母战斗群提供清晰的作战指令，从而使霓虹帝国海军在中途岛海战中难以取胜。

从个人理解来说，如果南云忠一的目标是美军航母，那么全舰的舰载机就应全备鱼雷等待航母出现并进行武装突袭，从而切断中途岛美军和外界的军事联系。

如果目标是攻占中途岛，那么，全舰的舰载机就应该配备足量的航弹炸毁美军在岛上部署的火力点，从而为登陆部队抢占滩头阵地扫清障碍。作为一名指挥官，绝对不能受客观时局把控，必须明确一条作战线路，从而凝聚战斗单位的战斗力。

众所周知，雷达以及雷达对抗系统在第二次世界大战期间得到广泛运用。1942年底，英、美共同研制的厘米波雷达便可以实现对单架战机的昼夜引导以及对海空作战时的火炮进行精准瞄准。

在中途岛战役期间，美军的主力舰艇(以航母、战列舰为主)便拥有先进的对空搜索雷达系统，并以索敌机进行探测范围外的机动侦查。

由于盟国对于霓虹的军事科技封锁，霓虹海军无法在短时期内构建一套完善的对空对海搜索系统，以至于南云忠一的机动航母舰队无法对周边美军进行有效侦查。

霓虹海军想要进行对空对海搜索只能靠索敌机以及安全度并不出色的飞行艇来完成，其必然会暴露霓虹海军的攻击路径。

同时，丑国太平洋舰队受珍珠岛事件影响，便将中途岛的巡逻范围扩大至700英里以上。