到公元前109年，托勒密九世开始让托勒密十二世公开亮相。

在这一年，托勒密十二世担任亚历山大和托勒密王朝国王的祭司（这个职务托勒密九世在他自己的统治期间也一直担任），并为他在基伦（Cyrene）举办了一个祭典。

此时，托勒密九世与母亲的关系恶化。

公元前107年，母亲迫使他逃离亚历山大港，去了塞浦路斯，并让托勒密十世（Ptolemy X）接替他作为共同执政王。

贾斯廷（Justin）提到，托勒密九世在逃离时留下了两个儿子。

克里斯·贝内特认为，这两个儿子应当是托勒密十二世和托勒密·塞浦路斯。

托勒密九世在公元前103年试图通过入侵犹太地区来重新夺回托勒密王朝的王位。

在这场战争开始时，克利奥帕特拉三世将她的孙子们和她的财富送往科斯岛，以保护他们。

在此期间，托勒密十二世和托勒密·塞浦路斯似乎在公元前88年第一次米特里达梯战争爆发时被本都王国的米特里达梯六世（Mithridates VI）俘虏。

讽刺的是，他们的父亲在同一时期重新夺回了埃及王位。

托勒密十二世和托勒密·塞浦路斯被米特里达梯软禁，直到公元前80年。

期间，他们在公元前81年或前80年与米特里达梯的两个女儿，米特里达蒂斯（Mithridatis）和尼莎（Nyssa）定下了婚约。

与此同时，托勒密九世于公元前81年12月去世，由贝伦尼丝三世继位。

公元前80年4月，托勒密十世之子托勒密十一世（Ptolemy XI）被安置为贝伦尼丝三世的丈夫和共同执政王。

托勒密十一世随即杀害了她，自己也被愤怒的亚历山大港民众杀害。

亚历山大港的民众随后召回托勒密十二世，命他继承王位。

而他的弟弟，也叫托勒密的托勒密·塞浦路斯，则成为塞浦路斯国王，直到公元前58年。