到公元前152年春季年仅十四岁时，托勒密·尤帕托被提升为与父母共同摄政，但在同年秋天去世。

这使得继承问题变得非常不确定，因为托勒密六世剩下的儿子仍然非常年幼。

他开始提拔他的女儿克利奥帕特拉三世（Cleopatra III），并在公元前146年正式将她神化。

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在公元前153年，一个新的塞琉古王位觊觎者亚历山大·巴拉斯（Alexander Balas）出现。

约翰·格兰杰（John Grainger）提出，托勒密六世为亚历山大提供了资金支持、海上运输，并为他确保了托勒迈斯·阿科（Ptolemais Akko）作为登陆基地。

他还认为亚历山大的首相阿蒙纽斯（Ammonius）应被视为托勒密的代理人。

然而，并没有明确的证据支持这一点，鲍里斯·克鲁巴西克（Boris Chrubasik）则认为亚历山大最初的成功是没有托勒密的参与下取得的，并质疑阿蒙纽斯是否为埃及人。

不论如何，在公元前150年，托勒密六世通过将自己年轻的女儿克利奥帕特拉·提亚（Cleopatra Thea）嫁给亚历山大·巴拉斯，与他达成了协议，婚礼在托勒迈斯·阿科举行。

然而，到公元前146年5月，托勒密六世已经开始集结军队。

在公元前145年，当亚历山大·巴拉斯正在奇里乞亚（Cilicia）平息叛乱时，托勒密六世入侵了叙利亚。

亚历山大·巴拉斯的附庸乔纳森·马加比（Jonathan Maccabee）允许托勒密六世不受阻拦地经过犹太（Judaea）。

表面上，托勒密六世似乎是在支持亚历山大·巴拉斯，对抗新的塞琉古王位觊觎者德米特里二世（Demetrius II）。

实际上，托勒密六世的干涉代价不菲。

他控制了沿海的所有塞琉古城市，包括塞琉西亚·皮埃里亚（Seleucia Pieria）。

他可能还在叙利亚的城市中开始铸造自己的硬币。