凯撒缺乏攻城设备，无法冒险放任庞培威胁他的后方。

他通过围困庞培的营地来解决这一问题。

尽管庞培有足够的食物，但水源稀缺，因为凯撒已经拦截了当地的河流，而庞培的骑兵缺乏饲料。

打破僵局变得非常紧迫，七月底，庞培终于成功突破了凯撒的部分防线。

由于这使得封锁变得毫无意义，凯撒决定减少损失，撤回到阿波罗尼亚。

此时，梅特卢斯·西比乌斯抵达塞萨利。

凯撒南下以应对这一威胁，并与多米提乌斯·卡尔维努斯会合，行军期间允许士兵掠夺贡菲（Gomphi）。

在庞培的追击下，他随后撤退到法萨卢斯（Pharsalus）附近，但未能诱使庞培交战。

尽管后来有人声称庞培是在下属的压力下才作出决定，但这一拖延或许只是他天生谨慎的反映。

无论如何，庞培的军队约有人，人数超过凯撒指挥的人，骑兵数量也以7000比1000遥遥领先。

公元前8月9日，他部署部队形成战斗阵型，计划利用自己更强的骑兵在左翼包抄对手。

凯撒早已预料到这一点，击退了逃窜的骑兵，暴露出他们身后的步兵。

面对左侧和正面的压力，庞培的军队崩溃。

---

庞培从战场上逃脱，前往米提利尼（Mytilene），与妻子科尔内利亚（Cornelia）重聚。

他在法萨卢斯（Pharsalus）时的大多数东部盟友要么已被杀死，要么被捕。

唯一缺席的是14岁的托勒密十三世（Ptolemy XIII），他统治着富裕且战略重要的埃及王国，因此成为了一个显而易见的目的地。

卡托（Cato）宣布他将继续在非洲进行战争，尽管包括西塞罗（Cicero）和马库斯·尤尼乌斯·布鲁图斯（Marcus Junius Brutus）在内的大多数参议员同僚与凯撒（Caesar）和解，并返回罗马。

庞培带着一小支舰队从塞浦路斯（Cyprus）出发，公元前48年9月28日抵达埃及的佩卢西乌姆（Pelusium），此时托勒密正与他的共同统治者及姐姐克利奥帕特拉七世（Cleopatra VII）进行一场激烈的内战。

当他上岸迎接官方代表团时，庞培被罗马军官和前同事卢修斯·塞普提米乌斯（Lucius Septimius）杀死。

他的尸体由两名仆人火化，而头颅则被保留下来作为证据。

一种说法认为，托勒密和他的顾问担心庞培计划控制埃及，尤其是因为许多埃及军官是像塞普提米乌斯这样的罗马雇佣军，他们曾与庞培共事。

与此同时，这似乎也是赢得凯撒支持对抗克利奥帕特拉的一个简单办法，尽管最终这并未成为事实。

庞培的头颅后来被送回科尔内利亚，葬于他位于阿尔班山（Alban Hills）的别墅中，而他耻辱的死亡促使西塞罗写道：“他的生命超越了他的权力。”