这期间发生了很多的事，比如蠕虫氏族是跳蚤的主要提供者，而跳蚤则被用作传播黑死病的主要媒介。各个斯卡文氏族进行串联和暗中交易，彼此之间表面达成交易，实际上暗地中玩着各种背刺和砸盘子的把戏，而这些都是鼠人的拿手好戏。

黑死病的成功超出了瘟疫氏族的预期，但在出击的过程中，由于斯卡文鼠人的特性，发生了各种各样的事情，在希尔瓦尼亚，他们遭到了那里的统治者弗雷德里克·范·海尔男爵的强力抵抗，在弗拉德的帮助下，男爵与鼠人争夺希尔瓦尼亚的次元石控制权，领导溃烂氏族的灰先知只能依靠瘟疫来对抗亡者大军，然而等疫病氏族的专家来到希尔瓦尼亚后却发现了一个残酷的事实，瘟疫对已经死去的亡者不起任何作用。

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在帝国的北部，摩斯氏族也在密谋着，将咧嘴氏族从第十三议会赶了出去，此外，各个氏族间不停的串联和背刺，结果就是他们被曼德雷德二世狠狠地锤了一顿。这些氏族忙活来忙活去，啥也没捞到，反而实力大受损失。

在这个过程中，疫病氏族纵横捭阖成为了地下帝国最强大的氏族，在政治上甚至超越灰先知议会，为了控制地下帝国，疫病氏族低声承诺每个氏族都会占领地表世界，但背后的目的是消耗这些氏族的资源，而瘟疫氏族将进行安全的统治。

各个氏族在这场黑死病中不断的分裂和重组，数百场鼠人之间的内战不间断的发生，让整个地下帝国变得更加的虚弱和分裂，而疫病氏族则在这个过程中越做越强，一度有机会上市，去纳迦隆德敲响大角鼠之钟……

然而，疫病氏族的敲钟计划还是泡汤了，那个时期的斯卡文鼠人还不像终焉之时那么BUG，在大角鼠的号召下团结一致。同天上降魔主，真是人间太岁神的曼德雷德二世横空出世，对于这些隐藏在暗中的老鼠，曼德雷德二世完全担得起这个评价。

曼德雷德的父亲在米登海姆袭击中阵亡后，成为选帝侯的他接过了父亲的旗帜，他团结了帝国其他领的残余势力，在他的领导和号召下，帝国对地表上的斯卡文鼠人展开了有效的反击。忙于内战的斯卡文鼠人对人类军队展开的突袭毫无准备，斯卡文鼠人无力招架人类骑士的冲锋。

在对抗斯卡文鼠人的战斗中，曼德雷德的军队取得了一次又一次的胜利。在嚎风山之战中人类军队取得了胜利，摩斯氏族的督军弗尔米克死在战斗中，随着弗尔米克的死，斯卡文鼠人征服地表的愿景变得遥不可及，最终他在帝国历1124年的时候结束了斯卡文鼠人战争，而黑死病也在那时候在人类社会中彻底销声匿迹，有种群体免疫的美。

之后，曼弗雷德的事迹就广为人知了，来自米登海姆的曼德雷德·冯·泽尔特伯爵因为在黑死病时期的卓越表现，加冕为帝国皇帝，成为曼德雷德二世，并被冠以『灭鼠者』的称呼。

在曼弗雷德爆锤地表斯卡文鼠人的过程中，斯卡文鼠人还在地下王国玩着基操，一名灰先知展开了推翻疫病氏族的计划，他利用被奴役的人类医生和炼金术士，开始修补黑死病，使其对抗疫病氏族，使其对斯卡文鼠人更加致命。除此之外，这位灰先知还宣扬曼弗雷德的胜利是大角鼠对追随疫病氏族异端邪说的斯卡文鼠人氏族的神圣惩罚，并警告这些氏族不要过于依赖封地和领地，不要变得像人一样，那样将不再纯粹，将不再是一名真正的斯卡文鼠人。

那些被奴役的人类医生和炼金术士没有辜负灰先知的期待，甚至超出他的预期，一场灾难吞噬了地下帝国，黑死病彻彻底底的失控了，原本对斯卡文鼠人无效的黑死病在人类医生和炼金术士的改造下升级了，以直线上升的趋势感染并杀死斯卡文鼠人。

在黑死病的摧残下，氏族间的矛盾彻底爆发，各个氏族纷纷指责其他的氏族是这场瘟疫的幕后黑手。尽管这个锅不是疫病氏族的，但不妨碍魔都的居民把矛头指向疫病氏族，在灰先知们的煽风点火下，最终除了与疫病氏族站在一起的氏族外，其他的氏族都把矛头指向了疫病氏族。

随着的矛盾的升级，疫病氏族这个地下帝国的异端领导的伟大统治最终失败了。不过这次并没有爆发大规模的斯卡文鼠人内战，因为斯卡文鼠人在这一连串的过程中实力折损严重。尽管疫病氏族遭到了指责和不信任，但最终还是苟了袭来，保留了十三议会中席位。然而，疫病氏族并不甘心这样沦为不受欢迎的幕后角色，又开始操控了起来，与之前敌对的艾辛氏族结成了新的联盟。

七百年后，疫病氏族再次对地表人类王国发动袭击，再次对地表人类王国发动袭击，这次的目标不再是帝国，而是巴托尼亚，而且这次的瘟疫也不再是黑死病，而是红痘。因受害者脸上和喉咙上出现的血痕而得名，红痘并不像黑死病那样致命，极大地延长了受害者的痛苦，但控制起来稍微容易一些。

然后，黑死病中的剧本再次上演，只不过这次的时间、地点和人物三要素改变了，在得到艾索洛伦阿斯莱帮助的巴托尼亚军队给地表上的斯卡文鼠人军队一顿乱锤，最终将斯卡文鼠人赶回了地下。

这次之后，疫病氏族就没有上次那么幸运了，在一系列操作下，第二次斯卡文鼠人内战爆发了……到了现在，也就是达克乌斯在帝国转悠的时候，地下帝国的内战还在持续着。（这段之间讲过）