作为对他扩展仍然年轻的西班牙帝国努力的回报，科尔特斯在1529年获得了贵族头衔“堂”（don），但更重要的是被封为“瓦哈卡谷的侯爵”（Marqués del Valle de Oaxaca）。

在他那位名望较低的第一任妻子卡塔利娜·苏亚雷斯（Catalina Suárez）于1522年去世后，娶了西班牙贵族女子多娜·胡安娜·德·苏尼加（Do?a Juana de Zú?iga）。

此次婚姻生育了三个孩子，其中还有一个儿子也叫马丁。

作为长子，合法的马丁·科尔特斯·德·苏尼加（Don Martín Cortés y Zú?iga）成为科尔特斯的继承人，并继承了瓦哈卡谷地侯爵的头衔和财产。

科尔特斯的合法女儿包括多娜·玛丽亚（Do?a Maria）、多娜·卡塔琳娜（Do?a Catalina）和多娜·胡安娜（Do?a Juana）。

侯爵的贵族头衔和封地一直传给他的后代，直到1811年。

瓦哈卡谷是新西班牙最富有的地区之一，科尔特斯在23个指定的恩赐地（eniendas）中拥有23,000名附庸，世代相传。

尽管他在土地和附庸方面得到了确认，但他并未恢复担任总督，且在新西班牙的行政管理中再也没有获得任何重要职务。

在他前往西班牙的旅行期间，殖民行政人员管理不善，他的财产被滥用。

他在一场诉讼中站在了当地土着一方。

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在探险下加利福尼亚之后，科尔特斯（Cortés）于1541年返回西班牙，试图驳斥那些对他提起多起诉讼的愤怒平民（因债务、滥用权力等问题）。

他返回时穿过人群，向皇帝查理五世问好，皇帝询问他是谁。

科尔特斯回答说：“我是一位为您贡献了更多省份的人，比您的祖先留下的城市还要多。”

查理五世最终允许科尔特斯参加他指挥的安德烈亚·多利亚舰队，参与1541年对阿尔及尔的伟大远征，当时阿尔及尔是奥斯曼帝国的一部分。

在这次战役中，科尔特斯在追击阿尔及尔的帕夏（Pasha）时，差点在一场暴风雨中溺亡。

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由于花费了大量自己的钱来资助远征，他现在背负了沉重的债务。

1544年2月，他向皇家国库提出索赔，但在接下来的三年里没有得到回应。

他感到厌倦，决定于1547年返回墨西哥。

当他抵达塞维利亚时，患上了痢疾。

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1547年12月2日，他因患胸膜炎在塞维利亚省的卡斯蒂列哈·德·拉·克斯塔（Castilleja de la Cuesta）去世，享年62岁。

他在遗嘱中妥善照顾了他的许多混血和白人子女，以及每位母亲。

他在遗嘱中请求将他的遗体最终安葬在墨西哥。

在去世前，他要求教皇解除他四个孩子的“私生子”身份，其中包括他与多娜·玛丽娜（Do?a Marina，也就是 La Malinche）所生的马丁，据说是他最