1454年，父亲去世后，亨利作为亨利四世登上王位。

伊莎贝拉和阿方索在亨利的照顾下生活。

随后，伊莎贝拉、母亲和阿方索搬到了阿雷瓦洛（Arévalo）。

这些年对伊莎贝拉来说是动荡的。

她在阿雷瓦洛的城堡生活条件较差，缺乏资金。

尽管她的父亲在遗嘱中安排了充足的财政支持，但亨利国王并未遵循父亲的遗愿，或许是出于对异母兄弟的限制欲或无能。

尽管生活条件艰难，伊莎贝拉在母亲的监督下接受了关于虔诚和宗教信仰的教育。

当国王亨利四世的妻子葡萄牙的琼（Joan of Portugal）即将生下他们的女儿乔安娜时，伊莎贝拉和她的兄弟阿方索被传唤到塞戈维亚的宫廷，在国王的直接监督下完成教育。

阿方索由家庭教师照顾，而伊莎贝拉则成为王后的侍女之一。

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在塞戈维亚，伊莎贝拉的生活条件有所改善。

她总能得到食物和衣物，住在有金银装饰的城堡中。

伊莎贝拉的基础教育包括阅读、拼写、写作、语法、历史、算术、艺术、国际象棋、舞蹈、刺绣、音乐和宗教教育。

她与侍女们通过艺术、刺绣和音乐来娱乐自己。

虽然她的生活相对轻松，但由于亨利国王的禁令，她很少离开塞戈维亚。

虽然她的异母兄弟让她远离王国的政治动荡，但伊莎贝拉对发生的一切及她在纷争中的角色有了充分的了解。

在谣言传播开后，乔安娜实际上并不是亨利国王的女儿，而是皇室宠儿贝尔特朗·德·拉·库埃瓦（Beltrán de la Cueva） 的女儿，贵族们向亨利国王施压，要求任命国王同父异母的弟弟阿方索为继任者。

他们甚至要求阿方索夺取王位。

控制阿方索的贵族们与亨利的军队在1467年进行的奥尔梅多之战（Second Battle of Olmedo）中交战，结果为平局。

亨利国王同意承认阿方索为他的法定继承人，条件是他必须娶自己的女儿乔安娜。

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