而幕府军得到的指令，并没有允许他们大开杀戒，反倒是要求他们尽可能控制住事态，避免激化出新的冲突，尽量减少任务过程中的死伤。

所以搜捕行动很快就变成了幕府军与僧人和神官的对峙，要动用武力降服这些手无寸铁的人当然不难，但这势必又将造成更严重的矛盾，毕竟这些宗教机构在民间的号召力，可能要比幕府还大得多。

当然如果仅仅只是对峙的程度，还远不足以让策动此事的那些人感到满意。要想让事态继续发展，那就必须得让冲突持续发生。

在难民聚集的东福寺、八坂神社等地，很快就发生了新一轮的流血冲突。

由于场面混乱，冲突的起因已无法查证，但事后在民间流传的说法非常一致，均称是幕府军率先开枪，射杀了阻挡他们进入难民聚集区的神职人员，随即遭到了部分愤怒民众的反击。

开火的究竟是幕府军，还是躲藏在暗处的浪人武士，那已经不再是事情的重点。

前往东福寺的幕府军冲破僧侣阻拦后，混乱局面却在持续扩大，慌不择路的难民发生了踩踏，有数以百计的人倒地不起。

八坂神社的情况也与之类似，由混乱造成的踩踏事件带走了至少上百条人命。

执行搜捕任务的幕府军也不是全无伤亡，在东山慈照寺的搜捕中，他们还真撞见了躲藏在这里的一群浪人武士，双方拼杀中至少有二十余名幕府军被杀伤，而浪人武士在被包围之后，也全部力战而亡，竟无一人被活捉。

这下跟浪人武士一同待在东山慈照寺的几千难民，都被迫背上了叛党嫌疑，一个都不能放走了。

人虽然是走不了，但消息却封锁不住。所有发生了流血冲突的地点，很快都有相关的消息传播出来。